暨南大学生态学系成立于2003年，是暨南大学水生生物研究中心人才培养架构向本科专业人才培养的拓展和延伸，实行系与中心合一的建制。
水生生物研究中心前身为国家高教部水生生物研究室，创立于1964年，由早期留英博士、著名鱼类学家廖翔华先生和留美博士、国际知名藻类学家樊贡炬先生等老一辈科学家领衔创办。经过几代人的努力，学科建设取得了长足发展。1983年获批水生生物学硕士点，1998年获批水生生物学博士点，先后建成广东省重点学科、国务院侨办重点学科，并于2002年被国家教育部批准为国家重点学科，2007年通过验收再次确认为国家重点学科，是我国高等学校中第一个水生生物学国家重点学科，是暨南大学"211工程"重点建设学科。2003年成立生态学本科专业和生态学系，2004年招收第一批本科生，同年获批生态学专业硕士学位授予权，2010年获批建设广东省高等学校特色专业，2011年获批生态学一级学科博士点，2012年设立生态学一级学科博士后科研流动站，并获批广东省生态学科优势重点学科。建立了本科、硕士生、博士生、博士后的完整人才培养体系，是我国水生生物学、淡水生态学研究和人才培养的主要基地。目前共有教职员工45人，其中，教授14人，副教授12人，博士生导师14人，硕士生导师28人。已培养博士研究生79人，硕士研究生404人，目前在读研究生176人，3名在站博士后工作人员，本科生96人。
学科点坚持以热带-亚热带水域生态学研究为特色，围绕国家及地方在水域生态环境保护和水生资源开发利用等方面的重大需求开展科研、教学及平台建设。主持了国家"十一五"重大专项水专项东江项目第九课题、"十二五""863"计划利用微藻清洁制备生物燃料关键技术项目、"十二五"国家科技支撑计划"南海附近海岸带生态修复及大型海藻利用技术与示范"项目课题、"十二五"湖泊"973"项目课题以及"抚仙湖浮游甲壳动物的碳源及其演变"、"珠江口环境激素类污染物的生态化学行为与毒理效应研究"等国家级重大科研项目，以及"珠海市大镜山水库水质改善生物措施科技项目"、"珠海市供水水库富营养化现状与水质管理技术研究"、"惠州西湖水生态系统构建与优化管理规划项目"、"广东省重点水库水源生态安全评估与保障对策研究"等地方重大科研项目。
2007年建立"广东高校水体富营养化与赤潮防治重点实验室"，2009年建立"热带-亚热带水生态工程教育部工程中心"，2010年与广东省水利厅联合建立"广东省水库蓝藻水华防治中心"，依托科研项目，在广东省惠州市西湖建立了12万平方米的"热带-亚热带地区城市富营养化湖泊生态系统修复工程示范区";在东江中游建立了"重要鱼类产卵环境修复示范区"、"东江观澜河生态水文水动力调控示范工程";在广东省流溪河水库建立科研、教学一体化的流溪河水库生态观测站，开展热带-亚热带水库生态学长期变化的研究;在暨南大学珠海校区建立了微藻资源与微藻生物技术基地。发展了一批无公害养殖和以水产品安全为基础的生态养殖方法，发展利用大型海藻龙须菜对近海富营养环境进行生物修复的理论与技术，建立起以鱼类、藻类及底栖动物为基础的东江水系典型水生生物河流生态系统统健康评价体系与方法，构建了河流湿地修复的综合技术体系;在能源微藻产业化生产的优质高产油藻种选育、大规模高效培养和低成本微藻采收技术等关键环节取得突破，建立了一套完整的微藻室外规模化高效产油生产技术体系，多项关键技术已应用与国家新能源龙头企业——新奥集团，为华南地区水库湖泊生态学研究、水质管理和保障深港澳等地供水安全、为区域生态建设、推动绿色经济及相关技术创新提供了有力支撑。
"十二五"期间，主要开展以下方面的研究工作：
1) 水库生态学与蓝藻灾害控制
2) 浅水富营养化湖泊生态系统修复基础理论及技术
3) 河流生态基础研究及河流生态修复技术研发
4) 淡水水体生态系统长期演变过程和模型模拟研究
5) 鱼类生态学与河流健康监测评价研究
6) 近海与河口生态学与富营养化防治
7) 水产养殖污染的生态控制与分子监测技术
8) 能源微藻生物学、规模化培养技术和微藻生物产品的加工技术。
平台拥有稳定性同位素质谱仪、调制式叶绿素荧光仪、双通道荧光仪、连续流动化学分析仪、CHN元素分析仪、TOC分析仪、细胞计数/粒径分析仪、水下辐照计、鱼探仪、水质分析仪、多功能采样平台、浅地层剖面仪、能谱仪等一批大型专业设备及各类配套设备2100余万元。此外，经过长期的积累，学科点还建成了一个具热带-亚热带地区特色的藻类种质资源库，收集和保存我国典型的淡水水华藻、赤潮藻以及高价值经济微藻126种(株)。
国际交流方面，与丹麦奥胡斯大学、比利时根特大学、比利时鲁汶大学、意大利巴勒莫大学，俄罗斯科学院动物研究所、俄罗斯科学院生态与进化研究所、美国威斯康辛大学、巴黎第六大学、芬兰赫尔辛基大学、荷兰生态研究所等大学和科研机构建立了良好的合作关系，共同开展科学研究及人才培养工作，聘请美国科学院院士Gene Likens教授担任名誉教授，指导学科发展;聘请美国流域环保署古滨河高级研究员、丹麦奥胡斯大学Erick Jeppesen教授等担任博士研究生合作导师;聘任鲁汶大学国际知名生态学家Luc DeMeester教授担任客座教授。外藉教师比利时根特大学教授、俄罗斯科学院院士Henri Dumont入选广东省领军人才，在学科点全职开展工作。2005年主办面向亚洲国家的"水生生物国际培训班——淡水浮游动物分类、生态学理论与实践"，国际水生生物学报《Hydrobiologia》主编、水生生物学家H. Dumont教授和比利时皇家自然研究院国际轮虫学专家Hendrik Segers高级研究员任主讲教师，来自韩国、斯里兰卡及我国中国海洋大学等13个单位的中外学员参加了培训。2008年承办"教育部全国水生生物学博士生学术会议——淡水水体富营养化过程与防治"， H. Dumont教授和刘建康院士担任学术委员会主席，美国威斯康辛大学Stanley Dodson教授等知名生态学家到会与博士生交流。2011年发起并主办第一届"东南亚地区浮游动物生物多样性与生态学"学术研讨会，中国、印度、泰国、菲律宾等东南亚各国学者一致同意将该会确立为区域例会，推动热带浮游动物研究的区域协作。2012年举办全国浮游植物生态学与蓝藻多样性暑期培训班，国际湖沼学会副主席Judit Padisák教授等国际知名学者任主讲教师，来自全国的70多名硕士生和博士生接受了培训。
在中丹两国政府合作框架下，2009年以来，通过参加"中丹中心"双边合作项目、组建中丹研究中心，先后有16名丹麦学者来系访问并联合开展水库流域污染控制与生态系统模拟的研究。2012年胡军校长访问丹麦奥尔胡斯大学，签订了暨南大学-丹麦奥尔胡斯大学校际合作谅解备忘，推动中丹联合实验室的建设;2014年丹麦奥尔胡斯大学代表团访问生态学系，进一步落实中丹联合实验室的建设。2013年，拓展与比利时鲁汶大学的合作内容，在开展生态学科研合作的基础上，形成了本科和研究生的交流及联合培养框架。
