海绵、珊瑚等海洋动物具有丰富的共生微生物。海洋共生微生物在宿主的化学防御、营养与能量转化等过程中起着重要作用，揭示共生微生物与宿主的关系及其在海洋能量、物质循环中的作用具有重要理论意义。此外，海洋共生微生物是海洋天然产物的重要来源，也是海洋功能基因的宝库。海洋共生微生物是一些从海洋动植物中发现的活性物质的真正制造者或者参与者，因此开展海洋共生微生物研究有望解决海洋药源物质限制的瓶颈问题，具有重大应用价值。
2002年实验室在国内较早从事海绵共生微生物研究，近期又针对珊瑚共生微生物开展了研究;目前已经成为国内海洋共生微生物研究的核心实验室之一。主持了包括4项国家863计划项目、1项国家重大科学发展计划课题、6项国家自然基金项目在内的多项国家级课题。目前的研究重点包括：(1)海洋共生微生物大规模发酵制备药源化合物;(2)海洋共生微生物在海洋C/N循环中的作用;(3)海洋共生微生物的群落结构与功能的关系。
