上海市微生物学会成立于1953年，是上海市微生物学科技工作者自愿组成的学术性的非营利社会团体法人，现有会员666人，学会下设十个专业委员会，五个工作委员会，1个办公室。学会2015年9月选举了第十五届理事会，现任理事长为戚中田教授。
上海是我国微生物学研究和应用的重要基地之一，拥有一批微生物学界知名的专家学者、两院院士。在上海市社会团体管理局和上海市科协的领导下，在中国微生物学会的业务指导下，经过历届理事会和广大会员的共同努力，上海市微生物学会已经发展成为组织健全、管理规范的学术性群众团体。多年来，连续获得中国科协“学会之星”和上海市科协“三星级”学会等荣誉称号。
微生物学会宗旨是团结上海市微生物学科技工作者,促进微生物学科学技术繁荣的发展，促进微生物科技的普及和推广，促进科技人才的成长和提高，促进微生物科技与经济的结合，为建设上海社会主义物质文明和精神文明做贡献。学会本着促进学科发展，加强学术交流，努力为广大会员服务的理念，积极开展各类学术活动。定期召开学术年会，邀请权威专家做主题演讲，增进全市微生物学者的交流。学会发挥上海的地理优势和拥有众多教学科研单位特点，每年接待来自世界各地的微生物学学者数十批次，其中包括诺贝尔奖获得者、国际微生物学联合会和外国微生物学会主席等。与欧、美、日、韩等国家和地区定期举办双边、多边学术交流,这些活动增进了学会会员对国际微生物学界的了解，也增进了国际微生物学界对中国微生物学界的认识。
