陕西省微生物研究所是西北地区专业从事微生物技术研究的科研机构，开展微生物研究已有40多年历史。该所的科研方向以应用微生物技术开发为主，主要从事微生物菌种资源保藏和利用、发酵技术研究及微生物生化药物等方面的研究。涉及范围主要有淀粉和农副产品深加工、生物医药、微生物菌种筛选及选育、代谢产物研究、微生物农药和肥料的研制等方面，涵盖了轻工、医药、食品、酿造、农业、环保等诸多领域。
陕西省微生物研究所下设六个科研中心——微生物菌种资源研究中心、微生物技术研究中心、微生物代谢产物研究中心、分子生物学研究中心、真菌研究中心、技术实验·微生物分析检测中心;两个产业实体——食用菌技术推广中心、参股的陕西省科学院制药厂;陕西省淀粉转化工程技术研究中心也设于该所;五个行政后勤支撑部门——办公室、业务科、人事科、财务科和后勤服务中心。
所内建有10万级生测室、理化分析实验室、分子生物学实验室、微生物菌种资源库、微生物代谢产物库、秦岭菌物标本馆和陕西省科学院发酵技术平台。
全所现有职工93人，其中专业技术人员69人。拥有高级职称技术人员22人，国家级突贡专家1人，省级突贡专家1人，省三五人才2人，省科技新星1人，三秦人才1人。多年来共取得科技成果50余项，获国家、省、市科技成果奖30余项，技术转让建厂20多家。
